Указом Святейшего Синода от 10 (23) февраля 1861 год женская община в селе Дивееве возводится с 24 января(6 февраля) 1861 года в третьеклассный женский монастырь с названием — Серафимо-Дивеевский. Первая настоятельница монастыря, как и в общине, выбиралась сестрами с элементами тайности голосования.

По итогам выборов было объявлено, что большинство сестер пожелали иметь начальницей монастыря Занятову Лукерью (Гликерию) Васильевну. Она передэтим приехала из Санкт-Петербурга, где вместе с другими сетрамиобучалась в школе живописи при Ака­демии художеств.

В управление монастырем Лукерья Васильев­на вступила с 20 мая (2 июня) 1861 года. С этого же дня в Обители воцарилось беспокойство, которое перерастало в недовольство выборами.

Святейший Синод передает вновь учрежденный монастырь из ведения Нижегородской епархии в Там­бовскую. Выборы настоятельницы признаются недействи­тельными.

Царским Указом от 19 февраля 1862 года настоятель­ницей монастыря назначается Елизавета Алексеевна Ушакова, которая перед этим управляла женской общи­ной. В тот же день вновь назначенная настоятельница принимает монашеский постриг с именем Мария. 14(27) марта 1862 года в Тамбове она возводится в сан игуме­ньи.

Первая игуменья вновь учрежденного монастыря про­исходила из Дворян, вышла из помещичьей семьи Тульс­кой губернии. Родилась она 30 августа (12 сентября) 1819 года В женскую общину в селе Дивееве вступила 27 де­кабря 1844 года (9 января 1845 года). С 1850 года — казна­чея общины. С 1859 года — начальница.

Монастырем игуменья Мария управляла 42 года. Скон­чалась 19 августа (1 сентября) 1904 года. Похоронена у алтаря Троицкого собора. После себя оставила богатое духовное и материальное наследство. Это был значимый капитал не только для монастыря, но для Русской Право­славной церкви.

За четыре с лишним десятилетия управления обите­лью игуменьей Марией ее слава резко возросла, приоб­рела высокую значимость не только для Русского Право­славия, но и для мировой Православной церкви.

К 1776 году в монастыре подвизалось 556 сестер. К 1880 году — 774 сестры. Завершились постройка Тро­ицкого собора, ограды монастыря, улучшилось благоустройство территории. Было выстроено много новых корпусов, была наработана четкая организация хозяйственной жизни, духовного и трудового послуша­ния.

Обитель жила по строгому уставу, который це­ментировал слаженность всех звеньев в духов­ности, хозяйства. Все делалось добротно, продуманно.

Сестры занимались рукоделием, живописью, свечным производством. На высоком уровне велись полеводство,садоводство и пчеловодство. Подвалы-хранилища впрок заполнялись тем, что давала земля, что обеспечивало полное обеспечение обители продовольствием.

Монастырский хлеб и квас славились своими особыми вкусовыми качествами. Они источали пряный аромат и какие-то иные запахи, которые вызывали аппетит Они умиротворяли душу, восстанавливали силы, снимали боли от недугов.

14              (27) марта 1887 года отмечалось 25-летие управле­ния монастырем игуменьей Марией. По свидетельству современников, она обладала высоким талантом хозяйственника, выделялась человечностью, сердобольностью, « была невысока ростом, симпатичная на внешность, с коротким и добрым взглядом умных глаз”.

 В юбилей за оказанную монастырем помощь Карамзинской больнице игуменья Мария получила письменную длагодарственную признательность императрицы.

14 (27) марта в монастыре было совершено торжественное юбилейное всенощное богослужение. На нем священник  о.Иоанн Смирнов сделал краткий очерк жительности игуменьи. В нем, в частности, отмечалось:

Обитель наша процветает по молитве Царицы Небесной, а так же о. Серафима и по неусыпным заботам и трудам игуменьи, которая трудится на ее пользу. В долж­ности начальницы игуменья состоит не 25 лет, а 27 (имеется в виду и два года управления женской общиной перед возведением ее в ранг монастыря). До этого она восемь лет состояла в должности казначеи.

Приняв начальство над монастырем, игуменья Мария с большой ревностью и усердием стала заниматься благоустройством обители во всех отношениях. За эти годы отстроился благоденный Собор (Троицкий), из казенных земель в вечное пользование принято два лесных участка, в до­бавление к ним еще одна лесная дача и имение Каратае­вых.

Внутри монастыря возведены новые постройки, кор­пуса, отремонтированы и украшены храмы, заведено партесное пение (многоголосное хоровое пение без со­провождения). Устроен свечной завод. Усовершенствова­но полеводство и садоводство.

Отличительной чертой характера игуменьи Марии яв­ляется беспристрастность, доброта, милостивость к стар­шим, так и молодым, как к богатым, так и к бедным. К себе она только строга. Здравый ум и доброе сердце от­верзают ее уста только для слова дельного и чистого.

Велики были и есть духовные ценности обители. Проч­на была ее материальная база. К 1890 году за монасты­рем значились 191 десятина пашни, 263 десятины лес­ных угодий в дачах по реке Сатис, Ломовке, в селе Сиухе (ныне Д.Константиновский район). В них находились мо­настырские хутора. В самом монастыре действовала трех­поставная мельница, в Сиухе — двухпоставная, под Се­меновом — водяная.

В городе Москве, Санкт-Петербурге, Нижнем Новгоро­де, Харькове, Арзамасе находились монастырские под­ворья. В них подвизались сестры, распорядок жизни ко­торых определялся монастырским уставом. На подворь­ях имелись храмы, жилье строения. Через них держалась связь обители с населением.